1958年，中国科学技术大学建立了国内首个自动化系，位于安徽合肥主校区和新建高新校区，拥有建筑面积为7600平米的现代科研办公用楼。自动化系本科专业为“自动化”,是首批国家一流本科专业建设点之一。设有“控制科学与工程”一级学科博士点及博士后流动站。在科研及研究生培养方面与一级学科“控制科学与工程”相对应，下设“控制理论与控制工程”、“检测技术与自动装置”、“系统工程”、“模式识别与智能系统”、“导航、制导与控制”、“网络传播系统与控制”、“信息获取与控制”七个二级学科。

自动化系（含中科院智能机械研究所一级学科点共建单位）现有中国科学院院士1名，正高级职称51人（全职20人），副高级职称54人（全职36人），其他教职工16人，包括国家杰出青年科学基金获得者3人、国家自然基金委员会优秀青年科学基金获得者4人、教育部“长江学者奖励计划”青年学者1人、教育部“新（跨）世纪优秀人才支持计划”入选者6人，IEEE Fellow 1人。

一直以来，我系承担着国家重要科研任务，是国家工程实验室“类脑智能技术及应用国家工程实验室”和国家重大科技基础设施“未来网络试验设施”合肥分中心建设单位。遵循中科院“全院办校，所系结合”的办学方针，为“两弹一星”和国民经济主战场培养了大批杰出人才，取得了一系列高水平研究成果。龚惠兴校友和梅涛校友分别当选中国工程院院士和加拿大工程院院士，另有15名校友当选为IEEE Fellow。